| 1 | みなみのしまだよ！ぜんいんしゅうごう!! |
| 2 | ポケモンリサーチ第1弾！ |
| 3 | ポケモンリサーチ！ |
| 4 | ポケモンリサーチ第2弾！ |
| 5 | うずまきカップ！みずのコロシアムでだいバトル!! |
| 6 | ポケモンリサーチ第3弾！人気のカレンダーをリサーチせよ!! |
| 7 | サトシＶＳカスミ！ うずまきカップ最後の戦い!! |
| 8 | ポケモンリサーチ第4弾！ |
| 9 | あらしのサイクリングロード |
| 10 | ポケモンリサーチ第5弾！ |
| 11 | ロケットだんとデリバード |
| 12 | ポケモンリサーチ第6弾！ |
| 13 | さよならフシギダネ！オーキドていのぼうけん!! |
| 14 | ポケモンリサーチ第7弾！ |
| 15 | イーブイ５しまい！ おちゃかいでバトル!! |
| 16 | ポケモンリサーチ第8弾！ |
| 17 | ピカチュウとのわかれ… |
| 18 | 新たなる大地！新たなる冒険!! |
| 19 | ポケモンリサーチ第9弾！ |
| 20 | ポケモンリサーチ第10弾！ |
| 21 | ソーナンス！ そうなんす？ |
| 22 | ポケモンリサーチ第11弾！ |
| 23 | ピッピとつきのいし |
| 24 | ポケモンリサーチ第12弾！ |
| 25 | メタモンとモノマネむすめ |
| 26 | ポケモンリサーチ第13弾！ |
| 27 | めざせメタモンマスター！ イミテふたたび!! |
| 28 | ポケモンリサーチ第14弾！ |
| 29 | おニャースさまのしま!? |
| 30 | ポケモンリサーチ第15弾！ |
| 31 | ラジオとうのたたかい！じくうをこえて!! |
| 32 | ポケモンリサーチ第16弾！ |
| 33 | タマゴをまもれ！ あらしのなかからうまれたいのち！ |
| 34 | ふしぎのくにのアンノーン！ |
| 35 | バンギラスとヨーギラス！ |
| 36 | ポケモンリサーチ第17弾！ |
| 37 | カスミ！ブルーバッジをゲットせよ！ |
| 38 | ポケモンリサーチ第18弾！ |
| 39 | ポケモンとはなせます!? ポケモンのことば ポケモンのきもち！ |
| 40 | ポケモンリサーチ第19弾！ |
| 41 | 「ポケモンフェスタ」からの生放送 |
| 42 | ポケモン・ザ・ムービー！ |
| 43 | ポケモンリサーチ第20弾！ |
| 44 | ピカピカ星空キャンプ |
| 45 | ポケモンリサーチ第21弾！ |
| 46 | みずポケモンぎらいのジョーイさん!?カスミのいかり！ |
| 47 | ポケモンリサーチ第22弾！ |
| 48 | ポケモンリサーチ第23弾！ |
| 49 | ポケモンクイズマスター日本一決定戦 -前編- |
| 50 | ポケモンクイズマスター日本一決定戦 -後編- |
| 51 | ヤドキング！おうじゃのしるし!! |
| 52 | ポケモンリサーチ第24弾！ |
| 53 | キモリの森！巨大樹を守れ!! |
| 54 | ポケモンリサーチ第25弾！ |
| 55 | ほのおのポケモンだいレース！ |
| 56 | ポケモンききゅうだいレース！あらしをこえて！ |
| 57 | ポケモンリサーチ第26弾！ |
| 58 | ウィナーズカップ！フルバトル6VS6!! |
| 59 | ファイナルバトル！カイリュウとうじょう!! |
| 60 | ポケモンリサーチ第27弾！ |
| 61 | ポケモンリサーチ第28弾！ |
| 62 | 秘密の池！ミズゴロウがいっぱい!? |
| 63 | ポケモンリサーチ第29弾！ |
| 64 | ロケット団！みだれひっかきでサヨウナラ!! |
| 65 | ポケモンリサーチ第30弾！ |
| 66 | ウソッキーはどこにいる!? |
| 67 | ポケモンリサーチ第31弾！ |
| 68 | キレイハナのバトルダンシング！ |
| 69 | ポケモンリサーチ第32弾！ |
| 70 | ニドリーノ ニドリーノ！タケシのばらいろのひび!? |
| 71 | ポケモンリサーチ第33弾！ |
| 72 | げきとうポケモンひなまつり |
| 73 | ポケモン自由研究スペシャル！ |
| 74 | ピカチュウＶＳニャース!? |
| 75 | ポケモンリサーチ第34弾！ |
| 76 | ソーナンスの村!? |
| 77 | ポケモンリサーチ第35弾！ |
| 78 | プラスルとマイナン！山の灯台!! |
| 79 | ポケモンリサーチ第36弾！ |
| 80 | キレイハナVSラフレシア！そうげんのへいわ！ |
| 81 | ポケモンリサーチ第37弾！ |
| 82 | ロケット団 愛と青春の原点 |
| 83 | ポケモンリサーチ第38弾！ |
| 84 | ルーキーのチコリータ！ |
| 85 | ポケモンリサーチ第39弾！ |
| 86 | ポケモンコンテスト！アゲハントの華麗なバトル！ |
| 87 | ポケモンリサーチ第40弾！ |
| 88 | ハルカにライバル！特訓ポケモンコンテスト！ |
| 89 | ポケモンリサーチ第41弾 |
| 90 | ナナコとリザードン！炎の猛特訓！ |
| 91 | ポケモンリサーチ第42弾 |
| 92 | ポケモンリサーチ第43弾 |
| 93 | ポケモンレンジャー！デオキシス・クライシス!!(前編) |
| 94 | ポケモンレンジャー！デオキシス・クライシス!!(後編) |
| 95 | ポケモンリサーチ第44弾 |
| 96 | ポケモンリサーチ第45弾 |
| 97 | たびだてうみへ！チョンチー行列!! |
| 98 | ポケモンリサーチ第46弾 |
| 99 | カスミ登場！トゲピーとまぼろしの王国!! |
| 100 | 蜃気楼の彼方に！トゲピーの楽園！ |
| 101 | ポケモンリサーチ第47弾 |
| 102 | ポケモンリサーチ第48弾 |
| 103 | 今回から1時間番組となって、今まで以上にパワーアップ!! |
| 152 | オリジナルアニメ「ポケモン不思議のダンジョン・時の探検隊・闇の探検隊」 |
| 300 | ３００回記念スペシャル！ |
| 301 | 今回も３００回スペシャル！なりきりポケモングランプリ！ |
| 302 | 一足先にイッシュ地方へ？ポケモンサーチャーＢＷを調査！ |
| 303 | 夏休み恒例企画！『ゾロアーク』のみりょくを語ろう！ |