| 1 | 伝説の美剣士…愛ゆえに闘う男 |
| 2 | ガキ侍 スッた！モンだ！で門下生 |
| 3 | 哀しみの剣士・過去を斬る男 |
| 4 | 悪の一文字・ケンカ屋左之助登場！ |
| 5 | 逆刃刀対斬馬刀・闘いの果てに！ |
| 6 | 闇からの訪問者・黒笠現る！ |
| 7 | 月下の死闘・愛する人を守れ！ |
| 8 | 新たなる戦い！飛び込んできた謎の美女 |
| 9 | 最強の忍び軍団・恐怖の御庭番衆！ |
| 10 | 蒼紫・美しすぎるほど怖い奴 |
| 11 | さらば最強の男たち！光と闇の激突 |
| 12 | 少年剣士誕生！一番弟子弥彦の戦い |
| 13 | めざせ横綱！虎丸のどすこい奮戦記 |
| 14 | 小さな命を救え！美人女医・恵の挑戦 |
| 15 | 炎の暗殺集団、神風隊走る！ |
| 16 | 勇気ある誓い！燃えよ秘剣・紫電の太刀 |
| 17 | 夢に向かって飛べ！砲弾娘マリモの冒険 |
| 18 | 走れ！弥彦・逆刃刀を取り返せ！ |
| 19 | 雷十太の野望・禁じられた王国の幻想 |
| 20 | 真古流の復活！嵐を呼ぶ究極の殺人剣 |
| 21 | 悪夢の崩壊！雷十太の野望・完結編 |
| 22 | 初乗り！暴走陸蒸気びっくり大事件 |
| 23 | 左之助の裏切り!?運命の再会 |
| 24 | 真夜中の戦い！左之助対剣心ふたたび |
| 25 | 真紅の海賊・引き裂かれた剣心と薫！ |
| 26 | 稲妻の化身！誇り高き謎の女海賊、朱羅 |
| 27 | 燃え上がる戦慄の島！真紅の海賊・完結編 |
| 28 | 新たなる血戦への序曲・迫り来る狼の影！ |
| 29 | 史上最強の宿敵！襲いかかる非情の牙 |
| 30 | 復讐の悪鬼・志々雄真実の謀略 |
| 31 | 届かぬ想い……剣心の旅立ち！ |
| 32 | 涙を勇気にかえて！神谷薫が選んだ道 |
| 33 | 最強の称号を掴むまで！蒼紫の新たなる闘い |
| 34 | 追いはぎ少女・巻町操の隠された正体！ |
| 35 | 奪われた村・襲いかかる志々雄の魔の手！ |
| 36 | 幕末の時を超えて！対峙した志々雄と剣心 |
| 37 | 衝撃！折れた逆刃刀・天剣の宗次郎対剣心 |
| 38 | 左之助、極意の修行！破戒僧・安慈への挑戦 |
| 39 | 逆刃刀を作った男・新井赤空最後の一振り！ |
| 40 | 恐るべき無情の刺客！十本刀・張との死闘 |
| 41 | 飛天御剣流の奥義！師匠比古清十郎との再会 |
| 42 | 同盟成立・蒼紫が志々雄と手を組んだ日！ |
| 43 | 生と死の間で！奥義・天翔龍閃(あまかけるりゅうのひらめき)の会得 |
| 44 | 怒濤の決戦・最強集団十本刀集結！ |
| 45 | 翔ぶが如く！戦艦煉獄出航を阻止せよ |
| 46 | 煉獄炎上！志々雄真実の命運 |
| 47 | 激突！二重の極み・唸る左之助の拳 |
| 48 | 救世(ぐぜ)への再生・安慈の新たなる出発 |
| 49 | 心眼をとらえた狼・炸裂する牙突零式！ |
| 50 | 約束を果たす時・蒼紫と剣心の再戦！ |
| 51 | 目醒める時は今・満身創痍の決着！ |
| 52 | 奇跡を呼び起こせ！葵屋の攻防 |
| 53 | 巨人対超人・絶望の淵に放たれた一矢！ |
| 54 | 飛天対縮地！宗次郎 天賦の能力(ちから) |
| 55 | 嵐の夜の惨劇・宗次郎の過去 |
| 56 | 極限の勝負！瞬天殺対天翔龍閃(あまかけるりゅうのひらめき) |
| 57 | 幕末を駆けた二人・志々雄対剣心最終戦！ |
| 58 | 時代は志々雄を選ぶのか？剣心最大の危機！ |
| 59 | 命運尽きず！闘志、今よみがえる |
| 60 | 勝利を許されし者・志々雄対剣心終幕！ |
| 61 | 残された十本刀・生きてゆくための選択 |
| 62 | 京都…刻まれた記憶・想いを馳せた出発 |
| 63 | 願い蛍の伝説・ある剣客を待ち続けた少女 |
| 64 | 弥彦王子誕生？華麗なる社交界でびゅー |
| 65 | 消えたお宝を探せ！名探偵犬・ノ太郎 |
| 66 | 薫感激 剣心のぷろぽ～ず!? |
| 67 | 煌めく伝説の剣！神秘の剣士・天草翔伍 |
| 68 | 運命のメダリオ・左之助と小夜の出会い |
| 69 | 対戦の地、島原へ！雌雄を決する時 |
| 70 | 雷龍閃の衝撃！闇に葬られた剣心 |
| 71 | 傀王の陰謀・罠にかかった翔伍！ |
| 72 | 追憶の日々・翔伍と小夜の哀しき過去 |
| 73 | あざ笑う悪鬼！庄三、爆炎に散った火龍 |
| 74 | 左之助の涙 二人に訪れた永遠(とわ)の別離(わかれ) |
| 75 | 最後の聖戦 激突！ふたつの天翔龍閃(あまかけるりゅうのひらめき) |
| 76 | 旅立ちの海 希望は哀しみの波を越えて |
| 77 | 下関に緋村道場？もう一人の抜刀斎現る |
| 78 | 画学生の想う女性(ひと)・箱根湯の街恋騒動！ |
| 79 | 勝海舟と剣心・幕末を生きた二人の宿縁 |
| 80 | 終わらない幕末・海舟に課せられた天命 |
| 81 | 紅葵の策謀・海舟を狙う幕末の生霊！ |
| 82 | 勝海舟の決意・時代を超えた真実 |
| 83 | 由太郎帰国・影に潜む黒騎士団の野望 |
| 84 | 真田忍群と霊薬・お頭御沙薙の狙い |
| 85 | 迷走の旅・仕組まれた御神渡りの罠！ |
| 86 | 地底を舞う赤い陽炎・殺鬼！真田三人衆 |
| 87 | シュナイダーの賭け・黒騎士団の崩壊！ |
| 88 | ふたつの道標・弥彦と由太郎永遠(とわ)の約束 |
| 89 | まいえんじぇる操へ…京都からの迎え |
| 90 | 風水の奇襲！張り巡らされた五茫星の謎 |
| 91 | うごめく風水の魔力・狙われた神谷道場！ |
| 92 | 戒厳令の東京府！ばく進する凶器の龍脈 |
| 93 | 敵は戦場ヶ原にあり！翡翠の紋章を求めて |
| 94 | 風と水の挽歌・今ここに死力尽くす！ |
